2018年因学科发展需要，特成立自动化系，主要负责自动化本科专业的教学和学生培养等工作。自动化系依托的一级学科为“控制科学与工程”，以领先的学术水平、严谨的治学学风、雄厚的科研实力位居国家重点学科和一级学科博士授权点行列，在我国控制学界享有崇高的学术地位。一级学科“控制科学与工程”2017年入选国家首批“双一流”建设学科，并在第四轮全国学科评估中被评为A类。

自动化系拥有一流的教学师资队伍，著名控制科学家钱钟韩院士、冯纯伯院士曾长期在自动控制系任教。该系现有教职员工35人，其中正教授12人、博士生导师10人。自动化专业的培养目标是面向各类自动化系统的工程设计与开发，培养兼具软件和硬件设计能力、弱电和强电知识、控制基础理论和自动化工程应用能力，同时在控制科学、控制工程、智能机器人、智能信息处理等专业方向领域之一具有（知识和实践动手能力的）显著专业特长的综合型工程技术人才。

专业主干课包括自动化专业导论、运筹学与最优化、自动控制原理II、自动化元件、自动检测技术、电力电子技术、运动控制、计算机控制系统、数字信号处理、人工智能导论等。从三年级开始，自动化专业分为控制科学、控制工程和智能信息处理三个研究方向。

毕业生可从事运动控制、工业过程控制、自动化测试与控制、模式识别与智能系统、智能信息处理和航空航天控制等领域的科学研究、技术开发、工程设计和管理的综合型工程技术工作。